Процесс форматирования флешки (сюда же можно отнести и различные SD и microDS карты) под Linux, даже без помощи графических приложений, не так уж и сложен. Более того - возможности по форматированию в этом случае достаточно широки, начиная от разбивки флешки на разделы (можно с разными типами файловых систем) и заканчивая возмножностью сделать "низкоуровневое" форматирование, записав нули во все ячейки памяти съемного носителя. Главное - форматировать флешку, следуя инструкции, тогда риск сделать что-то неверно минимален.
